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厚生労働省の「毎月勤労統計」の東京都内分が本来認められていない抽出調査で行われていた問題で、不正調査が始まった2004年以降、都が刊行する統計年報から従業員500人以上を「全数調査」とする記述が削除されていたことが明らかになった。代わりに抽出調査であることを示す記述が出現していた。都は当時、国の調査方法の変更を認識して年報に反映させたが、厚労省は国の年報で04年以降も「全数調査」と事実に反する記載を続けていた。
毎月勤労統計は、厚労省が都道府県に対し、企業への訪問や調査票の郵送などの業務を委託して実施している。東京都は毎年、都内の結果をまとめた「毎月勤労統計調査地方調査結果年報」を刊行しており、この中に調査方法なども記載してきた。
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