７日の衆院内閣委員会で、日本学術会議からの推薦に基づいて首相が任命する対象を巡り、内閣法制局が過去の内部資料に「全員」を任命することになっていると記されていると答弁した。「全員」なら、菅義偉首相が今回、６人を任命拒否したこととの整合性が問われかねないが、政府はその後、「会員」の読み間違えだったと訂正した。
共産党の塩川鉄也氏が、１９８３年に日本学術会議法を改正し、会員の選出方法を公選制から推薦制に変更した際の国会答弁について質問した際、内閣法制局の木村陽一第１部長が「当時の資料を確認すると、説明資料と思われる資料の中に『推薦人の推薦に基づいて、“全員”を任命することとなっており、この任命は形式的任命である』という記述はある」と述べた。
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